In 1948 vond een agrariër, in de in 1942 drooggevallen Noordoostpolder, in de nabijheid van het voormalige eiland Urk, het wrak van een schip. De Afdeling voor het Oudheidkundig Bodemonderzoek van de Rijksdienst voor de IJsselmeerpolders, onder leiding van drs. G.D. van der Heide, stelde vast dat het schip in de 17e eeuw is vergaan. Het schip was goed geconserveerd in de bodem van de Noordoostpolder zodat men besloot om het schip op een later tijdstip op te graven. Pas vanaf 1957 is men begonnen te graven en in 1961 was het schip volledig blootgelegd en onderzocht. Uit het onderzoek bleek dat het om een eikenhouten karveel gebouwd vrachtschip ging, dat omstreeks 1620 moet zijn gebouwd. Het was een zeilschip met drie masten en een spiegel en behoorde tot het scheepstype “Pinas”. Het was een zeer stevig en zeewaardig gebouwd schip met een eikenhouten buitenwand van ongeveer 5 cm dikte en een totale scheepswanddikte van 45 cm. Het schip was 27 m. lang. 7 m. breed. 3,5 m. hoog en kon circa 200 ton vracht vervoeren. Het was de meest ongeschonden koopvaarder die tot dan toe opgegraven was. Het schip was niet compleet, alleen het onderwater gedeelte en een stuk van de opbouw zijn bewaard gebleven. Op het roer en de voorsteven staan Romeinse cijfers. Dit zijn diepgangsmerken, uitgedrukt in Amsterdamse voeten. De weinige resten van de vracht die men in het schip gevonden had gaven aan dat de laatste reis naar het Middellandse Zeegebied moet zijn geweest. Geschat wordt dat het schip rond 1660 moet zijn vergaan. Het overgebleven deel van het schip bleek nog in zeer redelijke staat te verkeren, waardoor bij de archeologen de vraag ontstond waarom het schip nooit geborgen was. Een gedachte was dat de koopvaarder aan de grond gelopen zou zijn in de wintertijd en toen vast is komen te zitten in een snel bevriezende Zuiderzee. Waarschijnlijk is op een gegeven ogenblik het ijs gaan kruien en is toen het bovengedeelte van het schip kapot gedrukt. Hierna zal men het opgegeven hebben om het schip te bergen. Het onderschip bleef achter op de zandbank en is langzaam weggezonken in de zeebodem. Uit archiefstukken blijkt dat het wrak de “Samuel” geweest kan zijn. Hierin wordt namelijk beschreven dat een schipper met de naam Steven Rogier naar Amsterdam onderweg was, vanuit Alicante, met een lading sinaasappelen en witte port. Op 8 februari 1662 raakte zijn schip de 'Samuel' tijdens een storm uit koers en liep ten oosten van Urk op de Vormt aan de grond. Het verhaal gaat dat het schip leeggehaald is door Urker Vissers. De Pinas is in 1969 gelicht en in onderdelen over water naar het Rijksmuseum voor Scheepsarcheologie in Ketelhaven overgebracht. Een houten wrak kan na opgraving niet zo worden bewaard, dan droogt het hout en valt het geheel uit elkaar. Het moet geconserveerd worden. Twee jaar heeft de pinas onder een watersproei-installatie gestaan. Daarna is de koopvaarder in vier jaar tijd gecontroleerd gedroogd. De restauratie van het schip werd na 12 jaar in 1992 afgerond. In verband met verhuizing van het Nederlands Instituut voor Scheeps- en onderwater Archeologie (NISA), waar het museum deel van uitmaakt, naar Lelystad, was er geen ruimte beschikbaar om het wrak ten toon te stellen. Er werd naarstig gezocht naar een geschikte locatie waar het publiek de pinas wel kon gaan bekijken. Die werd gevonden in Den Helder. Het werd in bruikleen afgestaan. Het schip werd vervoerd naar Den Helder waar het voorlopig werd neergezet in de voormalige Ketelmakerij op de oude rijkswerf Willemsoord, alwaar het enige jaren bleef staan en veel bekijks trok. De NISA had wel een aantal voorwaarden en bouwkundige eisen gesteld, waaronder de conditionering, ten aanzien van het tentoonstellen van het schip. Om het schip te kunnen tentoonstellen werd er een grote vitrine ontworpen en gebouwd. Hiervoor werd architectenbureau “Cepezed” in de arm genomen. Dit bekende bureau is ook de architect van gebouw 51 waarin zich een bioscoop bevindt. Voor het paviljoen werd een plek gevonden tussen twee historische panden uit 1825 aan de zijde van de Weststraat. Het is geheel opgetrokken uit glas en wordt in het donker kunstmatig verlicht, waardoor het schip dag en nacht van alle kanten te bezichtigen is. Er is sprake van dat het gebouw met de pinas verplaatst moet worden vanwege reconstructies op de Rijkswerf Willemsoord. De verplaatsing van de Pinas naar een andere plek op Willemsoord is echter voor de beheerder, dit is Batavialand, nog geen uitgemaakte zaak. Batavialand beheert sinds 2016 de maritieme archeologische rijkscollectie waar ook het wrak van de Pinas toe behoort.